南康区境内以章江、上犹江为经，大小河流60条，其中干流2条，一级支流10条，二级支流19条，三级支流18条，四级支流7条，五级支流4条。境北隆木水与黄沙水属遂川水系，西南的梅源水属信丰水系，其余河流都属章江水系。除章江、上犹江、龙华江、朱坊河、燕溪属过境河外其余均发源境内的南北山区。章江在境内名蓉江，长58公里，流域面积为859平方公里，落差43米，有蕉溪水、赣桥水、龙回河、南水河等11条支流。上犹江在境内长34公里，流域面积911平方公里，落差16米，有燕溪水、沙溪水、龙华江、木林水、桥头水5条主要支流。隆木水属遂川水系，源出小东，流经樟村、曲潭、瑞坑，出境流入遂川巾石河，境内长13.5公里，流域面积43.8平方公里。梅源水在境内西南面的浮石乡境内。其中2019年管理范围划定涉及的河道有2条，分别为流域面积1000km²以上的章江、章水、高陂水、禾斋河、龙华江5条河道。2020年管理范围划定流域面积50km²-1000km²赤土水、麻双河、朱坊河、龙回河、西坌河、金沙水、隆木水、禾源水、樟桥水、内潮水河道共10条。
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