南康区地处赣江流域，境内河流分布有赣江流域的章水水系，遂川水系和桃江水系。全区土地总面积中，94％的面积集中分布在章水水系，5％的面积分布在境北部的遂川江水系，1％的面积分布在境南部的桃江水系。境内河系发育较好，集水面积在10平方公里以上大小河流共计51条（其中社溪河是龙华江干流的分段命名河流），河流总长754.4公里，平均河网密度0.4l公里／平方公里。

入境河流众多，集水面积大。集水面积大于10方公里的入境河流共计13条。其中，境外集水面积10平方公里的入境河流共计6条，境外入境河流集水面积之和为5696平方公里。入境河流中，尤其以上犹江及其支流在南康境外的集水面13732平方公里为最大。

南康区多年平均降水量1446.1毫米，平均年降水总量26.68亿立方米。年内丰、枯水季节变化明显，丰、枯水年降水量相差悬殊，在很大程度上影响了农业生产的发展。

南康区水文站在章水设有窑下坝水文站，在上犹江设有田头水文站，两站水文测验项目有降水量、水位、流量等。2008年撤销龙回、麻双、坪市、木林等四个雨量站，启用龙岭、潭口、横寨、浮石、赤土、龙回、三江、唐江、内潮、凤岗、十八塘、麻双、横市、大坪、隆木、镜坝、朱坊、龙华、坪市等暴雨山洪预警系统自动测报雨量站点，数据直接传送区防汛办。2010年又相继增设南康梅源水库、石孜坳水库、横寨水库、龙虎陂水库、上洛水库、黄龙水库、红卫水库、木林、洋田、罗洞、李村、圩下、黄坑等自动水位及雨量站点。2012年至2013年，在国家防总支持下，全区相继建设横市和朱坊两个水文站，测验项目有降水量、水位、流量等，为无人驻守巡测站。2021年5月20日，窑下坝水文站出现最高水位118.53米（黄海基面），相应洪峰流量为611立方米/秒。2021年5月20日，田头水文站出现最高水位112.62+2.101=114.721米（假定基面，加上2.10米为黄海基面），相应洪峰流量为346立方米/秒。